Są to techniki oczne. Używane jedynie przez ninja urodzonych w klanach, posiadających specyficzne zdolności, czyli Hekke Genkai (Zaawansowane Więzy Krwi). Jak do tej pory znane nam są tylko trzy Doujutsu: Sharingan, Byakugan i Rinnengan.

Sharingan to tak zwane „kopiujące oczy”, których używać mogą jedynie członkowie klanu Uchiha. Są one zdolne do kopiowania technik Ninjutsu, Taijutsu i Genjutsu. Potrafią również przewidywać ruchy przeciwnika z wyprzedzeniem ułamka sekundy, aby użytkownik miał więcej czasu na reakcję. Poza tym bardziej wykwalifikowani Uchiha potrafią używać Sharingana - a dokładniej Mangekyou Sharingan - do technik Genjutsu.

Byakugan, czyli „białe oczy”, to karta atutowa klanu Hyuuga. Dzięki niemu można widzieć z przybliżeniem na odległość nawet kilku kilometrów. Do tego prześwietla on przedmioty niczym rentgen, przez co nie ma dla niego przeszkody w postaci skały czy drzew. Oprócz tych podstawowych umiejętności Hyuuga może widzieć także cyrkulację chakry przeciwnika.

Rinnenagan, to umiejętność Doujutsu Pein'a. W mandze widzimy, że jedynei on opanował tą technikę. Diżeki niej Pein posiadał kilka ciał. Dzięki sowjemu unikalnemu Doujutsui wkrzesił kilka swoich ciał. Rinengan jest bardzo silną techniką i skupia moc w oczach. Dzięki temu staje się jakby odporny na inne Doujutsu. Rinengan to najlepsza z trzech ocznych kekeigenkai rinenkan jest szary z 5 kulkami te oczy umożliwiają przechodzenie przez dusze jego moc może uratować lub zniszczyć świat te kekeigenkai ma wady wyczerpuje całą chakre i żeby mieć to kekei genkai trzeba być wybrańcem...lub Rikudo Senninem